Группа ученых из СПбГЭТУ «ЛЭТИ», Алферовского университета и Санкт-Петербургского государственного университета разработала новый метод секвенирования (дешифровки) биополимеров — его широко используют в биоинформатике и фарминдустрии. Исследование было проведено в рамках госзадания Минобрнауки РФ, его результаты опубликованы на сайте ЛЭТИ.

Ученые используют два метода для секвенирования пептида. Первый применяется в тех случаях, когда биополимер уже расшифрован — его структуру можно найти в одной из уже существующих баз данных. Второй называется de novo секвенированием — его применяют тогда, когда пептид расшифровывается впервые. Как указывается в исследовании, последний является более быстрым, но менее точным способом расшифровки.

«В случае применения de novo секвенирования, как правило, мы получаем целый набор потенциальных вариантов первичной структуры пептида. Для определения того, какое из предсказаний является наиболее надежным, мы разработали специальный алгоритм. Он может быть встроен в программное обеспечение для расшифровки биополимеров», — сообщил доцент кафедры математического обеспечения ЭВМ СПбГЭТУ «ЛЭТИ», заведующая кафедрой биоинформатики Алферовского университета Кира Вяткина.

Новый алгоритм разработан на основе метода валидации (проверки корректности результата), который оценивает надежность результатов de novo секвенирования. С его помощью можно проанализировать не только аминокислотный состав, но и другие фрагменты пептида. Благодаря этому исключаются ошибочные варианты de novo структуры.

Другие интересные новости читайте в нашем Telegram-канале

Автор: Александр Байгазин

Сделано в России // Made in Russia

#сделановроссии